Laguna La Torrecilla, es la segunda en extensión y volumen, y la más compleja del sistema, conectada a San José por el Canal Suárez y a la Laguna Piñones por el Canal de Piñones, además de conectarse al Atlántico por la Boca de Cangrejos. La Quebrada y Canal Blasina descarga a La Torrecilla, quien también recibe agua subterránea del sistema de humedales que la rodea. Dragados frecuentes de la laguna aumentaron su volumen a probablemente 2.8 veces el original.